In de Romeinse tijd stroomde de Maas waar nu de Binnenbedijkte Maas (Binnenmaas) ligt. Haaks hierop stroomde de Striene in noord-zuid richting door het gebied.

De huidige Hoeksche Waard ontstond na 1421 toen de Sint Elisabethsvloed het gebied overstroomde en de waterlopen in het deltagebied drastisch veranderde. Daarvoor hoorde het oostelijk deel bij de Groote of Hollandsche Waard, en het westelijk deel bij het voormalige eiland Putten. Na deze overstroming waren alleen de polders Munnikenland en Sint Anthoniepolder en enkele dijken nog over. In de Sint Anthoniepolder staat nog een kerkje dat tussen 1300 en 1400 is gebouwd. De naam Hoeksche Waard is afgeleid van de ambachtsheerlijkheid Hoecke, het tegenwoordige Puttershoek.

De bedijking van de Hoeksche Waard vond in hoofdzaak plaats tussen 1538 en 1653. In de anderhalve eeuw daarna werden nog wat gorzen langs het Haringvliet en het Hollands Diep bijbedijkt. In de laatste 200 jaar is aan de omvang van het eiland dus niet veel veranderd. Alleen langs het Hollands Diep zijn er nog wat strookjes ingepolderd.

De Hoeksche Waard bevindt zich op de grens van het rivierengebied en de delta die onder invloed van eb en vloed staat. Hierdoor kan het als een van de Zuid-Hollandse Eilanden, maar ook als waard beschouwd worden.